如何撰写SCI医学论文之个人体会

如何撰写SCI医学论文之个人体会发布时间：2019-06-27 11:12:11

如何撰写SCI医学论文之个人体会
作者简介：程博士、肿瘤细胞生物学、生物化学专业；美国芝加哥大学Ben May 癌症研究所高级研究科学家； “SCIEDIT ”高级SCI英文主任编辑
我自2005年开始撰写自己第一篇英文学术论文开始，特别是自2006年赴美研究四年多里，各种SCI英文研究性论文、国际会议论文及国际学术会议的摘要等已撰写过十余篇。初期文章写作总是漫长而痛苦的的过程，不但字句要反复斟酌，经历反复修改，可最后成稿的文章可能因为reviewer评审中存在language and structure issue 而从头来过。其中甘苦非亲身经历别人难以体会。然而，在写过最初的三、四篇文章之后，亦能从磨难的经历中总结出英文文章写作中的一般规律和审稿人的常见要求。最近因为担任“SCIEDIT ”高级英文编辑的缘故，使得自己有机会去评审一些来自国内的英文学术论文的手稿，在此结合自己评审经历中遇到的现象，谈一下一般性的SCI论文写作的常见问题，旨在抛砖引玉。
从根本上说，一项研究成果到底否发表成一篇SCI论文是由研究本身的水平决定的，这也是我们在评审过程中坚持的最高原则，如果初步判定研究存在着严重的缺陷，则写作再出色仍不能起到起死回生的作用。然而，但研究达到一定水准，具备冲击SCI期刊的可能时，则专业的英文写作和出色的文章组织结构将能锦上添花、有效提升文章档次的作用。下面按SCI文章写作的主要方面谈谈这方面的问题。
标题：在我们评审的文章中， “SCIEDIT ”的很多客户稿件因为标题不够精炼或表达不准确而使得审稿人一开始就对文章的印象打了折扣。常见的是用平实的陈述语句总结实验的初始目的，不能显示出研究的意义所在，如：“Integrated expression of the α-amylase, dextranase and glutathione gene in an industrial brewer’s yeast strain”。实际上，本文探讨的是通过将三个不同的基因共整合并表达至啤酒酿造工业常用的TYRL21酵母中而提高了啤酒的多种品质，因此本文的出彩之处并非在于分子生物学中常见的质粒构建和基因表达方面，而在于对于提供啤酒品质方面的意义。显然上述标题完全没有体现这一点。而如果我们简单地改成“Integrative expression of the α-amylase, dextranase and glutathione in TYR21 facilitates beer quality improvement”则可显著提高审稿人对文章的认同，因为该标题简练而清晰地表明了研究手段“Integrative expression”和研究意义“facilitates beer quality improvement”。简单地说，一个好的标题应做到简练而准确地体现出研究内容和研究意义所在。此外，因为有的时候实验结果较多，而有的作者又想在标题中将研究内容一网打尽，往往将标题起的很长，不但读起来拗口，也可能有语法错误。对这种情况的正确的做法是，标题只需体现研究的主要内容及研究意义就可以了。如发表在Molecular Cell上的“Tip60-dependent acetylation of p53 modulates the decision between cell-cycle arrest and apoptosis”一文，大大小小的实验有几十个之多，但标题只是点睛般的提出Tip60-dependent acetylation of p53对细胞周期及细胞凋亡上的调节，至于如何调节则不需在标题中反应出来，因为有研究的意义“decision between cell-cycle arrest and apoptosis”就可以了。
摘要（Abstract）：如果说标题是一项研究的初始感觉，则摘要就是真正深入实质的第一印象。摘要不但能基本反映出研究的水平是否达到了SCI的标准，作者的英文写作水平基本也能反映出来。单就写作角度来说，很多“SCIEDIT ”编辑评审文章的摘要不具备标准的摘要写作的三层次的逻辑结构：即a）通过简单的背景描述显示当前研究某方面不足；b）由此引申出本研究的目的和研究结果概要；c）通过对上述不足的解决显示本研究的意义所在。下面以我发表在国际知名肿瘤学期刊Oncogene上的一篇文章的摘要为例：
The histone acetyltransferase TIP60 regulates the DNA damage response following genotoxic stress by acetylating histone and remodeling chromatin （背景概述）. However, the molecular mechanisms underlying the TIP60-dependent response to UV-induced DNA damage remain poorly understood (当前研究的某一不足之处，此处用 However 以示转折). To systematically analyze proteins that regulate TIP60 activity in response to UV irradiation （为解决上述不足提出本研究目的）, we performed a proteomic analysis of proteins selectively bound to TIP60 in response to UV irradiation using mass spectrometry and identified a novel regulatory mechanism by which TIP60 orchestrates transcriptional activation of p53-dependent checkpoint response in UV-irradiated cells. The initial step of this pathway involves UV-induced association of TIP60 with SUMO-conjugation enzymes and site-specific sumoylation of TIP60 at lysines 430 and 451 via Ubc9. This sumoylation initiates the relocation of TIP60 from nucleoplasm to the promyelocytic leukemia body, which is essential for the UV-irradiated DNA damage repair response via a p53-dependent pathway. Significantly, inhibition of TIP60 sumoylation by overexpression of non-sumoylatable mutant abrogates the p53-dependent DNA damage response, demonstrating the importance of TIP60 sumoylation in response to UV irradiation. Furthermore, our biochemical characterization demonstrated that the sumoylation of TIP60 augments its acetyltransferase activity in vitro and in vivo （研究手段和主要研究结论的概述。注意这里使用了显示逻辑递进关系的词）。. Thus, this study shed new light on the function and regulation of TIP60 activity in UV-irradiated DNA damage response （研究意义描述。注意在描写研究结论的基础上使用了 Thus，以表明合理的逻辑结论）。
引言（Introduction）：没有人会否认在整个英文文章撰写过程中，引言和讨论是最为困难的两个写作部分。引言写作的困难在于如何对大量的与自身研究相关的文献进行分析，一方面为本研究提供必要的研究背景，一方面从分析中获得以往研究的不足，即批判性分析（critical analysis），为自身研究的科学意义奠定基调。在“SCIEDIT ” 编辑评审文章的过程中，常见的引言写作缺陷包括文献分析不足、无关文献的引用、引用文献的逻辑关系的建立等。在我们评审的很多文章中，引言部分读完了不知道作者想表达什么样的中心思想，似乎只是把与他研究有关文献的结论简单地复述一遍，看不出别人的研究和自己的研究有什么必然的联系。这实际是引言部分写作的致命缺陷。
一般性的引言写作模式是：
1）引用分析：对与自身研究紧密相关的文献做一简单但突出核心的综述，突出当前研究的进展；
2)批判分析：对于SCI层次的文章来说，重复别人的研究显然不可能发表。因此在引用分析的基础上必需要有正确的批判性分析，即当前的研究有那些不足或有那些自相矛盾的地方，从而为自己的研究奠定逻辑上的必要性；
3）自身研究意义分析：在上述两种分析的基础上，下面就可以水到渠成地提出进一步研究的必要性。首先在简单描述主要实验结论后，需要突出阐明出自身研究的意义所在，如解决了上述讨论中存在的那些问题或厘清了那些模糊的认识等。
以发表的 “Functional characterization of TIP60 sumoylation in UV-irradiated DNA damage response”为例，引言部分的写作需要包括对TIP60蛋白、sumoylation修饰现象和DNA damage的研究背景进行综合分析，但这种分析不是简单而孤立地描述以上三种研究领域的进展，必需寻找三者之间的结合点。如TIP60有很多功能，作者不可能也不需要面面俱到，只需突出TIP60在Protein post-tranlational modification （因sumoylation是Protein post-tranlational modification的一种）及DNA damage中的研究结合点；同理，对sumoylation的分析也只需放在对如TIP60这样的acetyltransferase和DNA damage上面。一言以蔽之，引言分析中必需体现三者必要的逻辑联系，并明确指出其间存在的研究空白，即“Whether TIP60 is a potenital SUMOylated substrate in UV-induced DNA damage response”，而对上述问题的阐明将“Deepen our understanding to DNA damage-reduced tumorigenesis”，从而顺理成章提出本研究的科学意义所在。而很多国内的作者往往不能认真分析与自身研究相关的文献，不但文献引用粗糙，而且分析不足导致审稿人看不清你的研究的意义在什么地方，并且由于写作逻辑层次混乱得不出自己研究的必要性和重要性。因为SCI文章需要强调研究的新颖性（novelty）和重要性（Significance），则如果引言部分的写作不能让审稿人明确感觉到上述两点，那么对下面研究结果的审阅就少了很多兴趣。
研究结果 （Results）：我们发现研究结果的写作在很多作者的眼里只是简单地、孤立地描述某项实验的过程和发现，完全忽视了对结果的分析和结果之间逻辑关系的建立。如一开始提笔就是“In Figure 1, we found that knock-down of xxx protein inhibit the cancer cell proliferation”，或稍微好一点的是：To examine where xxx protein funtion in cancer cell proliferation, we performed siRNA- mediate approach to inhibit the xxx protein expression”。在这种情况下，逻辑上，作者需要说明该实验为什么要做的必要性，即在简单的背景介绍下提出实验执行的合理性。其次，当作者解释完Figure 1再引入对Figure 2的说明前，需要解释为什么要做针对Figure 2的实验，即两者之间有着什么样的必要关系。从写作角度来说，逻辑衔接（logical flow）是其中最重要的一项任务，通俗地说就是要体现出为什么要做某项实验，为什么做了实验A，还要做实验B，接着还要做实验C等等。最糟糕的写作方式莫非提笔就描述某个实验现象和结论，既不解释做这个实验的目的，然后又毫无征兆地跳到下一个实验的描述上。严密的逻辑性是科学研究的内在属性，因此在实验结果的写作是必须要体现出来。实际上，逻辑衔接的建立在该部分的写作上模式可循。例如，a) 你为什么要做这个实验：Previous studies showed that …………., However, it is still not clear whether ………… Thus, to investigate ………., we performed ……. b) 为什么要做下一个实验：As shown in Figure A, we demonstrated that ………. To further explore …......, we next carried out Experiment B to address……… c) 实验结果之间有什么关系，得出什么结论：Collectively, all these results revealed that …….., we therefore conclude that ……….
在研究结果部分存在的另一种常见缺陷是，对一种实验现象证明的严谨性和完备性不足，以及实验结果之间的无序安排。这既是研究自身的问题，也是写作上各个结果之间逻辑关系排列的问题。如 “By FACS analysis, we demonstrated that A inhibitor can arrest cancer cells in G1/S phase and effectively induce apoptosis, we then conclude that this inhibitor may be used a drug in cancer therapy”。显然从研究的完备性来说，证明cell cycle arrest和apoptosis固然可以用细胞流式的方法，但是对于SCI层次的文章来说，仅有该一种分析证明是不足的，还需要有其他的生化分析的证明，即cross-check。另一方面，仅凭这点实验证据，姑且认为实验是100%正确的，就得出“this inhibitor may be used a drug in cancer therapy”是一种极不严谨的描述，让人反感。
讨论（Discussion）：毫无疑问，讨论部分可能是最难写的部分了，因为不知道要讨论些什么。讨论部分写作存在这三种常见的不足：1）讨论写的像综述，与自身研究没有关联。既花上大段的篇幅对所研究的背景描述一番，而这种描述完全是总结前人的研究成果，与当前的研究没有瓜葛。2）讨论写的像引言，常常是把引言部分的研究背景再描述一遍，然后说明自己为什么要做自己的实验。3）讨论写的像实验结果的再次综合性描述，即重复性地依次地把把各部分的实验结果叙述一遍。后两种情况是讨论写作中最常碰见的缺陷，并且也正是讨论部分写作的大忌。讨论部分当然需要再次介绍研究背景，但此时背景介绍的侧重点已和引言部分不同，即转换为和本研究结论相关的背景的介绍，以突出自身研究的 novelty 和 significance。换句话说，讨论部分需要你提出解释（interpret）。你的研究结果如何和别人的研究结果相似，那么你需要解释你的不同之出；或者你的研究结果出乎意料，那么你更需要分析其中原因，提出合理的解释。特别对于实验结果的主要部分，需要分析实验现象，合理地提出解释原因。大体上，在写作上，讨论部分常需要涉及：a）在背景分析基础上的研究对比；b）对实验结果作出解释；c）总结性描述本研究的novelty 和 significance，并提出研究的prospective。
封面信 （cover letter）：如果说文章的标题是给人的第一印象，而第一印象有可能是不准确的，那么cover letter基本上就能对文章定调了，尤其是对于编辑而言。通俗地说，cover letter的写作更需要像文章的自我介绍，自信之中务必突出自己的不同之处（novelty & significance）。cover letter的写作实际上更有规律可言，第一句话往往是 “We would like to submit the enclosed mauscript entitled "xxxxxxxxxxxxxxxxx"， which we wish to be considered for publication in xxxxx”。接下来就需要对本研究的背景做高度的概括性描述（一到两句话）并显示出该领域的研究是重要的，如“As we know, xxx protein palys crucial roles the breast cancer metastasis by regualting xxxx pathway”，下面需要突出在该领域还有什么没解决的，“However, it is still unclear whether the protein xxxxxxxx, hindering the deep understanding to tumorigenesis in breast cancer”。然后在写作上转向对自己工作的描述：“In this paper, we reported an unexpect mechanism by which xxx protein xxxxxxxxxxxxxx in breast cancer”。接着是对自己工作重要性的评价：“Our findings thus provide an important guidance to xxxxxxx in breast cancer therapy”。接下里，作者需要自信地强调 “Due to these important observations, we are confident that our manuscript fits the criteria of xxxxx”。由于考虑到研究的冲突和评审的公正客观，cover letter的最后一部分往往有“评审人的建议排除”，即不希望自己的稿件被如干人评审，当然决定全在编辑手中。cover letter的撰写最需要避免的是写的像Abstract，有过多的实验结果的描述。
最后，必须提及在遇到“SCIEDIT ”编辑评审部分sci英文文章写作上的另外两个问题。
1、由于初写英文文章的人习惯于参考手边已发表的英文文章，这样往往自觉或不自觉地整体套用了别人的句子。虽然我们会争论研究不同，但根据国际通行的抄袭认定，除了固定的表达，如果在一句话中有连续6个以上的单词雷同，就有抄袭的嫌疑。所以我的建议是，你可以模仿别人的句子结构，但不可大量使用同样的语言表达方式。
2、避免自创语言表达。由于英语不是母语，但又对自己的英文水平自信，所以有的作者会自己创造新的另类的表达词句。原则是，所有的表达应符合学术性的表达规范。如果你不确定某种表达是否规范，可以将该表达放在 Google Scholar 中搜索，如果别人曾使用过，则你可放心；否则，请慎用。